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2022年。アフガニスタンで一つの村が村人ごと凍り付いてしまうという事態が発生する。アンドリュー・パルマ（アメリカ合衆国大統領）は緊急会合を開催する。気象コントロール衛星の不具合が疑われるが、ICSSを管理している合衆国の責任を回避するため、パルマはICSSの管理権が国連に移る2週間後まで詳細を隠蔽することを決断した。マックスの抗議に応じ、パルマはICSSに追加の人員を一人だけ送ることを許す。デッコム国務長官はマックスにジェイクを勧める。

職を失ったジェイクは妻と離婚し、フロリダ州で怠惰な日々を送っており、訪ねてきた弟の誘いを一度は断るが、ICSSに戻ることを決める。ICSSではアフガニスタン管轄の衛星のデータをハードディスクにコピーしたエンジニアが宇宙空間に放出されて死ぬ。香港でも異常な気温上昇が発生し、大規模な陥没と火災が発生する。

ICSSに到着したジェイクは、ステーションの司令官を務めるウーテ・ファスベンダーに出迎えられる。香港管轄の人工衛星の不具合を調べようとすると、事故が起きてデータはすべて失われる。

マックスは香港の部下チェンから、香港の気象を管理する衛星にアクセスできないと報告される。チェンは地球規模の破滅的な嵐ジオストームの危険性をマックスに告げる。マックスはサイバーセキュリティ担当者である友人のデイナの協力で衛星にアクセスしようとするが、アクセスはブロックされている。チェンはアメリカに来るが何者かに襲われ、マックスに”ゼウス”とつぶやいたのちに息を引き取る。

ジェイクとウーテは船外でアフガニスタン管轄衛星のハードディスクを回収するが、事故により生命の危機に襲われる。内部スパイの犯行を疑い、回収したことを隠す。さらに衛星の故障を招いたウイルスを発見する。マックスはガールフレンドでシークレットサービスのサラ・ウィルソンの協力を得て、ゼウスが破滅的なジオストームのシミュレーションであることを発見する。ジェイクはダッチボーイをリセットしてウイルスを除去するために、パルマだけが知る停止コードの入手をマックスに依頼する。

誤作動する衛星の仕業で東京やリオデジャネイロで異常気象が起き、ジェイクは交換衛星を故障した衛星に衝突させて食い止める。だがICSSでは自爆シークエンスが始まり、ジェイクはソフトウェアエンジニアのダンカンがウイルスを仕込んだことを知って殴り倒し、直後にダンカンは自爆に巻き込まれ死亡。モスクワやムンバイでも異常気象が起きる。クルーをシャトルに乗せて脱出させた後、ジェイクはリセットのためICSSに残る。

マックスは、パルマが民主党大会に出席するオーランドが次の異常気象の出現場所であることを知る。マックスはデッコムに助力を求めたが、他国を弱め、大統領および他の後継候補を殺し大統領の座を狙おうとしたデッコムこそが一件の主犯であり、デッコムはマックスを殺そうとする。停止コードは大統領の生体認証であることを知ったマックスはサラとともに大統領を誘拐する。3人は大統領を殺そうとするデッコムの手下から逃げ、最終的に手下を倒しデッコムを捕らえる。ジオストームがドバイを襲う中、マックスとサラは大統領をケネディ宇宙センターに連れて来て停止コードをICSSに発信する。

ジェイクはウーテと協力してコンピューターをリセットし、制御をNASAに移してジオストームをくいとめる。ICSSの自爆は止められず、二人は交換衛星に乗って脱出しシャトルに救助される。半年後、ジェイクは再建され国際委員会が運営するダッチボーイの主任エンジニアとなった。